تبصره 3 الحاقی هم مقرر می‌دارد کالاهایی که ترانزیت آنها بر اساس تبصره (1) ماده (3) قانون حمل و نقل و غبور کالاهای خارجی از قلمرو جمهوری اسلامی ایران ممنوع اعلام شده (به غیره از کالاهایی که ورود آنها به موجب قوانین موضوعه جرم شناخته شده است) در صورت اظهار صحیح در گمرک ورودی باید توسط ترانزیت کننده عودت گردد و در صورت اظهار خلاف اسنادی کالاهای موصوف، با توجه به مقررات امور گمرکی قاچاق محسوب می‌گردد.
طبق تبصره 4 ، کانتینر آکبند با پلمب سالم مبدأ به منزله بسته آکبند تلقی می‌گردد و بدون نیاز به ارزیابی محتویات توسط سرویس ارزیابی و در خورج از گمرک فقط با مطابقت اسناد و اظهارنامه با الصاق پلمب اضافی گمرک با صدور پروانه ترانزیت می‌گردند، مگر در موارد ظن قوی. طبق تبصره 5 الحاقی به ماده (36) آیین‌نامه اجرایی قانون حمل و نقل و عبور کالاهای خارجی از قلمرو جمهوری اسلامی ایران، درخصوص ترانزیت خارجی کالاهای تحت کنترل و مراقبت هیئت بین‌المللی کنترل مواد مخدر (INCB) برابر مقررات مربوط به آن عمل خواهد شد.
این تصویب نامه در تاریخ 7/7/1388 به تایید رئیس‌‌جمهور رسیده و در تاریخ 12/7/1388 از سوی محمدرضا رحیمی معاون اول رئیس جمهور به دستگاه‌های اجرایی ابلاغ شده است.